Der "Streit der Fakultäten" (von 1798) stellt den Antagonismus der drei oberen Fakultäten (Theologie, Jurisprudenz, Medizin) und der unteren Philosophischen Fakultät dar. Die Streitfragen sind Probleme der praktischen, nicht der theoretischen Vernunft; die in ihrer Wahrheitssuche freie Philosophie konfrontiert die oberen Interessen-Fakultäten, die unter der inhaltlichen Direktive der Regierung spätere Beamte ausbilden, erstens mit der autonomen Moral (gegen den äußerlichen Buchglauben der Theologen), zweitens mit der autonomen Republik der Französischen Revolution (gegen die Fremdbestimmung durch die von den Juristen unterstützten Despoten) und drittens mit der Diätetik (gegen die äußerliche pharmakologische und chirurgische Medizin). Die Universität hat ihr vereinigendes Zentrum in dieser dreifachen kritischen Auseinandersetzung, sie läßt sich als ein Realsystem der praktischen Metaphysik fassen. Heideggers Rektoratsrede bildet den Gegenpol zur liberalen Kultur der Auseinandersetzung bei Kant; sie ist nicht nur Reflex der Machtergreifung der Nationalsozialisten von 1933, sondern verdankt einen wesentlichen Impuls der Spätphilosophie Friedrich Schlegels. Die "Selbstbehauptung der Universität" kündet von der lebendigen Einheit der "völkischen" Universität und stellt deren Selbstbejahung gegen den Verneinungsgeist der üblichen Wissenschaften. Die geltenden sittlichen Maßstäbe werden in der neuen Lebens- und Wesenseinheit außer Kraft gesetzt.