1763 erhielt Musäus eine Stelle als Pagenhofmeister in Weimar und nahm drei Jahre später eine literaturkritische Tätigkeit als Mitarbeiter der von dem Aufklärer Friedrich Nicolai herausgegebenen Allgemeinen deutschen Bibliothek auf. Dort rezensierte er etwa 350 zeitgenössische Romane nach den Maßstäben einer aufklärerischen, an der antiken Redekunst orientierten Kunsttheorie. 1769 wurde er von Anna Amalie, der Herzogin Sachsen-Weimar-Eisenachs, zum Professor der klassischen Sprache und Geschichte am Weimarer Wilhelm-Ernst-Gymnasium ernannt. An dieser Schule unterrichtete er auch seinen Neffen August von Kotzebue, der später ebenfalls als Schriftsteller Berühmtheit erlangte.