Beschreibung
Bioconductor software has become a standard tool for the analysis and comprehension of data from high-throughput genomics experiments. Its application spans a broad field of technologies used in contemporary molecular biology. In this volume, the authors present a collection of cases to apply Bioconductor tools in the analysis of microarray gene expression data. Topics covered include: (1) import and preprocessing of data from various sources; (2) statistical modeling of differential gene expression; (3) biological metadata; (4) application of graphs and graph rendering; (5) machine learning for clustering and classification problems; (6) gene set enrichment analysis.
Each chapter of this book describes an analysis of real data using hands-on example driven approaches. Short exercises help in the learning process and invite more advanced considerations of key topics. The book is a dynamic document. All the code shown can be executed on a local computer, and readers are able to reproduce every computation, figure, and table.
Inhalt
The ALL Dataset.- R and Bioconductor Introduction.- Processing Affymetrix Expression Data.- Two Color Arrays.- Fold Changes, Log Ratios, Background Correction, Shrinkage Estimation, and Variance Stabilization.- Easy Differential Expression.- Differential Expression.- Annotation and Metadata.- Supervised Machine Learning.- Unsupervised Machine Learning.- Using Graphs for Interactome Data.- Graph Layout.- Gene Set Enrichment Analysis.- Hypergeometric Testing Used for Gene Set Enrichment Analysis.- Solutions to Exercises.
Informationen zu E-Books
„E-Book“ steht für digitales Buch. Um diese Art von Büchern lesen zu können wird entweder eine spezielle Software für Computer, Tablets und Smartphones oder ein E-Book Reader benötigt. Da viele verschiedene Formate (Dateien) für E-Books existieren, gilt es dabei, einiges zu beachten.
Von uns werden digitale Bücher in drei Formaten ausgeliefert. Die Formate sind EPUB mit DRM (Digital Rights Management), EPUB ohne DRM und PDF. Bei den Formaten PDF und EPUB ohne DRM müssen Sie lediglich prüfen, ob Ihr E-Book Reader kompatibel ist. Wenn ein Format mit DRM genutzt wird, besteht zusätzlich die Notwendigkeit, dass Sie einen kostenlosen Adobe® Digital Editions Account besitzen. Wenn Sie ein E-Book, das Adobe® Digital Editions benötigt herunterladen, erhalten Sie eine ASCM-Datei, die zu Digital Editions hinzugefügt und mit Ihrem Account verknüpft werden muss. Einige E-Book Reader (zum Beispiel PocketBook Touch) unterstützen auch das direkte Eingeben der Login-Daten des Adobe Accounts – somit können diese ASCM-Dateien direkt auf das betreffende Gerät kopiert werden.
Da E-Books nur für eine begrenzte Zeit – in der Regel 6 Monate – herunterladbar sind, sollten Sie stets eine Sicherheitskopie auf einem Dauerspeicher (Festplatte, USB-Stick oder CD) vorsehen. Auch ist die Menge der Downloads auf maximal 5 begrenzt.
